之所以说博士是黑衣组织的老大是因为苦艾酒和灰原的一段对话 。灰原哀为了知道阿笠博士是否是黑衣组织的老大，吃了缩小毒药变成了七八岁的宫野志保 。最终从苦艾酒的一段话语中，似乎能够证明阿笠博士就是黑衣组织的老大 。
【为何说博士是黑衣组织的老大】听了苦艾酒的话后灰原哀陷入了沉思当中，他开始分析这段话的真实性，他自己越分析越觉得这段话是真的 。因为灰原哀一直寄住在博士的家里，对于博士的一切他都是非常熟悉 。博士没有稳定的收入，也没有正经的职业，大多数的发明也都是没有用的，可是他却三天两头带着少年侦探团的孩子们出去玩，这种种奇怪的细节都让灰原哀陷入深深的怀疑当中 。
这样的结果让灰原哀不敢相信，如此和蔼可亲又对自己疼爱有加的阿笠博士，怎么可能会是黑衣组织的老大呢？这样的结果太难以置信了，可是经过多种细节的推敲，他又不得不相信这才是事情的真相 。
当然这个结果仅仅是灰原哀通过苦艾酒的话推断出来的，这个结果是不是真的还需要继续观察，毕竟这也是一件不得了的事情呀 。从整个大局来看，阿笠博士又不可能是黑衣组织的老大，如果他是黑衣组织的老大，那么柯南还没开始就已经结束了 。

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