《针灸甲乙经》对后世影响很大，唐代名医孙思邈《千金要方》和《千金翼方》中的针灸部分即是承袭本书 。 孙思邈认为，凡欲为大医，必须熟谙《针灸甲乙经》 。 唐代还将本书列为太医院学习和考试的内容 。 被视为穴位规范的宋代王惟一《铜人腧穴针灸图经》，其穴位和适应症几与本书全部相同 。 在古代日本、朝鲜等国的医事律令中，《针灸甲乙经》都被列为医学必读教材 。 由于《明堂孔穴针灸治要》已经亡佚，故本书保存的内容弥显珍贵 。 此外，皇甫谧还撰有《皇甫谧脉诀》《寒食散方》《解寒食散方》等医学著作 。
 
皇甫谧在文学和史学方面也很有建树，他撰有《帝王世纪》《玄宴春秋》《年历》《高士传》《逸士传》《列女传》，以及大量诗赋 。 前人评述：“晋时著书之富，无若皇甫谧者 。 ”（李巨来《书古文尚书冤词后》）

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